您詢問公司在三年多的工作期間曾有勞保高薪低報的情形，雖然事後已補齊中間差額，但若向勞保局申訴此違法行為，是否有時間上的限制（即申訴期限）。
本案主要涉及行政法規的違反，而非直接的民事侵權行為。雖然公司高薪低報的行為，可能導致您在未來領取勞保相關給付（例如老年給付、傷病給付等）時，因投保薪資較低而受有損失，進而產生民事損害賠償的請求權。然而，由於公司已補齊中間差額，這部分直接的保費損失已獲填補。若您因過去的低報而實際領取較低的給付，仍可能向公司主張損害賠償，但此部分應視具體損害發生時點及金額而定。
一般而言，公司單純的勞保高薪低報行為，通常不直接構成刑事責任。除非有其他詐欺、偽造文書等情事，且達到刑事犯罪的構成要件，否則此類案件主要歸屬於行政法規的範疇。
公司高薪低報之義務與責任： 依據《勞工保險條例》第14條規定，投保單位（即公司）應按其員工的月薪資總額，依規定向勞保局申報投保薪資。若公司有高薪低報的情形，即違反了此項規定。
勞保局對公司之處罰： 《勞工保險條例》第72條第1項規定：「投保單位不依本條例之規定辦理投保手續者，除追繳保險費外，並處以應繳保險費四倍罰鍰。勞工因此所受之損失，並應由投保單位依本條例規定之給付標準賠償之。」同條第3項亦規定：「投保單位不依本條例之規定申報月投保薪資者，除追繳其溢領之給付外，並處以溢領給付金額二倍罰鍰。」 因此，公司高薪低報的行為，勞保局依法可以追繳短報的保險費，並處以罰鍰。此外，若因此導致勞工溢領給付，亦會追繳並處罰。
申訴期限與行政罰鍰時效：
除了《勞工保險條例》外，若公司同時有健保高薪低報的情形，亦可能涉及《全民健康保險法》相關規定，其處理原則與勞保類似。
關於您公司勞保高薪低報的行為，涉及《勞工保險條例》下的行政責任。您作為勞工向勞保局申訴的權利並無明確時效限制，但勞保局對公司處以行政罰鍰的權利，則受《行政罰法》三年時效的限制。若違法行為已於三年前結束，勞保局可能無法再對公司處以罰鍰，但仍會調查並確保您的投保薪資紀錄正確。建議您備妥相關證據，向勞保局提出申訴，以維護自身權益。
本意見書僅供參考，實際處理仍應視具體情況調整，並諮詢合格律師。
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